明教寺初建于南朝梁武帝年间(502-549年)，初名铁佛寺。唐代重修，定名“明教寺”。后历代屡加修葺，后毁于兵乱。清同治九年(1870年)重建。现存大雄宝殿等主要建筑是清光绪十二年(1886年)所建。过去，寺周围广植松树，“教弩松荫”为古庐州八景之一。

1984年明教寺由文物部门移交给佛教团体管理使用，作为佛教活动场所对外开放。这些年来，明教寺的大雄宝殿等殿堂、僧舍、亭阁都修缮一新。

明教寺山门建在一梯形台阶上，山门为单檐歇山式卷棚顶，粘土筒瓦，屋角发水戗，单椽，无斗拱，饰挂落。大雄宝殿为重檐歇山顶，粘土筒瓦，屋角发嫩戗，无斗拱、柱廊。大雄宝殿旁有屋上井亭、教弩亭等名胜，均为钻尖式屋顶，粘土筒瓦，嫩戗屋角，下设鹅颈椅。整座寺院轴线基本对称。近年来，殿堂内重塑了佛像，金碧辉煌，成为合肥市规模最大、影响最大的佛教圣地。

1989年6月11日，明教寺隆重举行了佛像开光暨妙安方丈升座典礼。这是建国以来明教寺的首次开光法会，寺内僧尼、居士和各地市的寺庙住持共400余人参加了这一盛会，寺内钟鼓齐鸣，妙安法师在安徽省佛教协会会长、九华山抵园寺方丈仁德法师护送下登上法座，荣膺明教寺方丈。

妙安法师，是安徽巢湖市人，18岁在巢县指南庵出家，后到句容市宝华山隆昌寺受具足戒，回巢县担任指南庵监院。建国后任巢县中庙住持，是位爱国爱教的佛教界人士。1986年春到明教寺担任住持。他在升座仪式上表示，今后要搞好寺庙管理，弘扬人间佛教，为振兴中华多做贡献。

1989年农历九月十九日，是观音菩萨出家纪念日。明教寺举行了迎请五佛和《大藏经》法会。所迎玉佛高1.2米，玉质洁白细腻，雕工精湛，造型优美，是缅甸华裔僧人证通法师等赠送给明教寺的。《大藏经》是由台湾净空法师发起，台湾佛陀教育基金会筹资影印，赠给明教寺收存的。明教寺自开放以来，接待了大批港澳台同胞和东南亚各国人士，成为合肥对外开放的一个窗口。 1994年，明教寺举行了“祈祷护国息灾法会”，1992年11月，又举办了“祝愿社会稳定、家庭祥和”为弘旨的佛七法会。妙安方丈宣讲了《阿弥陀经》，法会隆重热烈。